Kalenin kuzey yamacında Bizans döneminden kalan küçük kalenin yerine Selçuklu döneminde "orta kale" olarak yeniden inşa edilmiştir. Giriş kapısındaki kitabeden 1227 yılında yapıldığı anlaşılmaktadır. Adını, Selçuklu döneminin inşaat ustası "Ehmedek"ten aldığı sanılmaktadır. Üçer kuleli iki bölümünden oluşan orta kale, kara saldırılarına karşı stratejik bir yerde ve aynı zamanda sultanın sarayının bulunduğu iç kaleyi de koruyacak konumdadır. Kulelerin günümüze kadar gelen duvarları Bizans döneminde kayalardan yontularak yapılmıştır. Orta kalenin içindeki üç sarnıç günümüzde de kullanılmaktadır. Kale duvarlarında Selçuklu döneminden kalma gemi resimleri vardır.